新潟市内で特定外来生物に指定された植物が６種類確認されています。市街地や潟周辺にオオキンケイギクやオオハンゴンソウ、アレチウリなどの陸生植物が定着し、潟や流入河川でオオフサモやボタンウキクサ、アゾラ･クリスタータなどの水生植物が確認されています。
本来は日本の生態系から緊急に排除すべき侵略的外来種ですが、実効ある防除策がほとんどとられていないのが実態です。

生態系被害防止外来種リスト掲載種の園芸スイレンやオオカナダモ、キショウブなどが各地の潟や河川に定着しています。ホテイアオイやボタンウキクサ（特定外来生物）など熱帯原産の植物は、現時点では新潟県内での越冬は困難ですが、ヨーロッパや北アメリカから持ち込まれた外来種は耐寒性をもち野生化の可能性が高いといえます。

陸生植物では、畑地や人家まわりにヒメムカシヨモギやシロツメクサ、セイヨウタンポポなど古い時代からの移入種が多数定着しています。また、フランスギク、タカサゴユリ、ハルシャギク、ヒメヒオウギズイセン、外来ノアサガオ類など、観賞用に持ち込まれた外来植物が次々と定着しています。
現在は法的規制を受けていませんが、最近急速に分布を拡大しているナガミヒナゲシが注目されます。農業環境技術研究所の調査では、一つの実に平均1600粒の種子をつけ１個体から最大約15万粒の種子が生産されます。未熟種子にも発芽力があり、根から他の植物の生育を阻害する物質を分泌するアレロパシー活性もあり、特定外来生物を上回る危険性が指摘されています（農業環境技術研究所,2009）。

これらの草花は自力で分散するほか、いわゆる花ゲリラによって意図的に種を蒔かれているケースもあるとみられます。外来植物や園芸植物を野外に放つことは、在来の植物の暮らしを圧迫するだけでなく、ハチやチョウなどの訪花昆虫にも影響を及ぼす危険な行為です。

新潟市内で記録されている昆虫の中で、特定外来生物に指定されているのはアカボシゴマダラとセイヨウオオマルハナバチです。
本州に生息するアカボシゴマダラは中国～朝鮮半島、台湾原産の外来種で、奄美大島に別亜種が分布しています。幼虫期の食草はオオムラサキやゴマダラチョウと同じエノキで、競合による影響が心配されています。ゲリラ放蝶により関東地方から分布を広げ、県内では2013年に初確認（榎並,2015）、2021年には新潟市内でも確認され、全県下に広がりつつあると見られます（熊谷,2022）。

セイヨウオオマルハナバチは、2022年4月、鳥屋野潟公園で県内ではじめて野外で確認されました(山口ほか,2023)。セイヨウオオマルハナバチは、在来のマルハナバチ類と営巣場所や餌をめぐって競合し、在来種の女王を刺殺して巣を乗っ取ったり、草花から盗密することが確認されています（自然環境研究センター,2019）。特定外来生物に指定される以前から農業用ハウス内で花粉の媒介に用いられてきたため、移出防止策を講じた上で飼養することが認められています。中央区以外の新潟市内で48件の飼養許可がでており、発見された個体は農業用ハウスから逃亡したのではないかと考えられています（山口ほか,2023）。

生態系被害防止外来種リストに掲載されているインドネシア原産のクワガタムシ２種が鳥屋野潟公園で記録されています。２０１６年には捕食者に襲われたとみられるアルキデスヒラタクワガタの死骸が見つかり（浅野，2020）、２０２０年にはダイオウヒラタクワガタの生体が確認されています（浅野未発表）。これらはペットが逃亡あるいは放虫されたものと思われますが、在来のヒラタクワガタやオオクワガタと交雑の危険性が指摘されています（自然環境研究センター，2019）。

そのほかにも多数の外来昆虫が定着していますが、農業被害をおこすイネミズゾウムシやアメリカシロヒトリ、ヒロヘリアオイラガなどは「日本の侵略的外来種ワースト１００」に指定されています。近年ヨコヅナサシガメが街路樹などで見られるようになってきましたが、原産地が同じヒロヘリアオイラガの主要な天敵となっています（国立環境研究所．侵入生物データベース）。
西日本原産のクマゼミが新潟市内（大西，2010）や長岡市内（星野，2022）で鳴き声により確認されています。土中の幼虫が苗木について運び込まれたと思われますが、地球温暖化によって分布を広げているともいわれており、人為的な国内外来種なのか、自然分布なのか判断するのは困難です。

アメリカザリガニは新潟市内の平野部の河川や潟全域に生息しています。2023年6月1日からは条件付特定外来生物に指定され、採集や飼育は認められるものの、野外に放すことは禁止されます。

生態系被害防止外来種リストに掲載されているフロリダマミズヨコエビは、小型で目立ちませんが水質汚濁にも強く、生息域を拡大しています。アジア原産のカワリヌマエビ属の一種はペットショップで販売されたものが野生化、新潟市内各地の潟湖や用水路に定着しています。
特定外来生物のウチダザリガニは新潟市内では未確認ですが、阿賀野川を流れ下って新潟市に迫っており、農業用水路などを通じで広がるおそれがあります。

国内では貝類5種が特定外来生物に指定されていますが、県内には該当種はありません。生態系被害防止外来種リストに上げられているタイワンシジミは、用水路などに大量発生して驚かれることがあります。本種は食用として持ち込まれたものが野生化し、在来のマシジミと交雑して入れ替わることが知られています（自然環境研究センター，2019）。
サカマキガイ、チャコウラナメクジは「日本の侵略的外来種ワースト100」に指定されています。ノハラナメクジは平野部から中山間地まで分布を拡大しており、チャコウラナメクジとともに野菜や草花を食害します。これらの外来ナメクジは農地や市街地を中心に増加しており、在来種のナメクジと入れ替わっています（日本生態学会編，2003）。

新潟市内の潟や流入河川では70種近くの魚類が確認されていますが、うち10種が外来生物法、生態系被害防止外来種リストに掲載されています。
定着している外来魚の中でも、北アメリカ原産のサンフィッシュ科魚類３種は、在来生態系に及ぼす被害が甚大で、いずれも釣り用に持ち込まれたものです。コクチバスは定着が遅れたため「日本の侵略的外来生物ワースト100」には選定されていませんが、同属のオオクチバスより遊泳力が優れ、急速に分布を広げています。

タイリクバラタナゴ、ソウギョ、ハクレンはともに中国～朝鮮半島原産ですが、ソウギョ、ハクレンは利根川などの長い下流域を持つ河川でしか繁殖できません。一方、タイリクバラタナゴは、各地の湖沼や下流河川に広がっており、特に在来のタナゴ類の生存を圧迫しています。

琵琶湖・西日本原産の国内外来種3種が、生態系被害防止外来種リストに掲載されています。ハス、ギギは捕食能力が高く、モツゴは在来のシナイモツゴに対する遺伝子汚染をひきおこします。
福島潟水系に侵入しているフクドジョウは、在来の底生魚との競合や水生小動物への食害が確認されており、何らかの法的規制が必要です。

なお、カムルチーは別名雷魚とも呼ばれ、獰猛な魚と思われていました。当初、外来生物法の「要注意外来生物」に指定されていましたが、顕著な在来生態系被害が確認されず法的規制からはずれました。琵琶湖、西日本原産のゲンゴロウブナやハス、ゼゼラ、ツチフキは原産地では生息数が減少しており、レッドリストに掲載されています。

新潟県内では、北アメリカ原産のウシガエル1種が特定外来生物に指定されています。現在は、全国47都道府県に広がり、新潟市内でも平野部の河川やほとんど全ての潟に生息しています。
ウシガエルは日本に生息する最大のカエルで、水中のアメリカザリガニや小魚、水辺の昆虫類やカエル、カメの幼体、ネズミなどの小型哺乳類まで捕食し、我が国の生態系に甚大な被害を及ぼしています。越後平野でニホンアカガエルやトウキョウダルマガエルが姿を消した最大の原因の一つと考えられます。

ウシガエルは食用ガエルとも呼ばれ、アメリカ合衆国から導入され、しばらくの間アメリカに輸出されていました。新潟県内には1924年に、鳥屋野潟や福島潟には1948年に持ち込まれました（岩沢，1968）。鳥屋野潟でも漁が行われ、1963年、64年に計3トンが捕獲されたことが新潟県農林水産統計に残っています（浅野ら，2021）。その後、アメリカに輸出されたウシガエルから殺虫剤のＢＨＣの残留が確認されたために輸出が停止、ウシガエル漁も途絶えていったとのことです（浅野ら，2021）。

新潟市水族館マリンピア日本海の集計では、新潟市内でこれまで７種の外来カメ類が確認されていますが、定着している種はクサガメとアカミミガメの２種です。キバラガメ、リバークーター、カブトニオイガメ、オオアタマガメの４種は１個体のみの確認です。

遺棄されたと思われる特定外来生物のカミツキガメが、市街地の路上や鳥屋野潟などで確認されており、西蒲区に隣接する弥彦村で2014年から2015年にかけて連続して捕獲されています（マリンピア日本海情報）。
特定動物のワニガメは、市街地の路上や農業用取水堰で捕獲されています。動物愛護管理法で特定動物に指定されており、重複指定を避けるために特定外来生物には指定されていません。

「条件付外来生物」に指定されている北アメリカ原産のアカミミガメは2亜種が我が国に持ち込まれています。ほとんどは亜種ミシシッピアカミミガメです。じゅんさい池で別亜種のキバラガメ1個体が確認されています（マリンピア日本海田村広野氏確認）。
ミシシッピアカミミガメの幼体「ミドリガメ」は、最近までペットショップで大量に販売されていました。野外に遺棄された個体が野生化し、新潟市内の潟でもクサガメと入れ替わりつつあります（井上，2019）。
市内の潟に広く定着しているクサガメは、これまで在来種と考えられてきましたが、遺伝子解析によって中国、朝鮮半島からの移入種である可能性が高くなってきました（鈴木，2012）。新潟県内では大正時代までは記録がなく（中村，1925）、昭和以降の移入と考えられます。クサガメは近縁な在来種のニホンイシガメと交雑し、遺伝子汚染を起こすことから大きな脅威となっています。

新潟市と近郊で確認されている特定外来生物に指定されている鳥類は、ガビチョウとソウシチョウです。

ガビチョウは江戸時代に我が国に持ち込まれましたが、九州、関東地方を中心に分布を広げています（自然環境研究センター，2019）。ツグミ類などの地上採餌性の野鳥と競合することが知られています。新潟市内では2013年5月に中央区関屋海岸での標識調査ではじめて捕獲され（日本鳥類標識協会新潟関屋グループ，2016）、同じころから角田山周辺での確認が相次ぎ、（出口ほか,2016）、2020年11月には佐潟でも捕獲されました（千葉ほか，2021）。佐潟周辺では2018年の冬ごろから見られるようになったとのことです（佐潟ボランティア解説員大坂氏私信）。

ソウシチョウは、繁殖期には標高1,000ｍ前後の広葉樹林に住み、冬季は平野部や海岸林で過ごします。笹藪を好み、ウグイスと競合して繁殖を抑制することが確認されています（天野,2008）。県内では2017年11月に妙高市での標識調査ではじめて２羽が捕獲され（山本明氏私信）、2020年11月に胎内市で保護された個体が新潟県立愛鳥センターへ持ち込まれました（新潟県愛鳥センター,2021）。今後新潟市内でも発見の可能性があります。

生態系被害防止外来種リストに掲載されているコブハクチョウが、数年前から松浜の池周辺で確認されています。ワカケホンセイインコは、関東、関西の都市部で増加していますが、新潟県内でも記録があります。

北アメリカからペットとして持ち込まれた特定外来生物のアライグマは、定着先で様々な生態系被害や農業被害をもたらしています。
新潟県内でも急速に分布域を拡大し、県の狩猟統計では1996年に６頭の捕獲記録があります。2015年には上越市名立区に設置した無人カメラで複数個体が記録され（新潟大学箕口研究室）、2019年には上越教育大学構内の無人カメラで親子連れも記録されています（中村研究室）。2018年には新潟市秋葉区の寺院でも1個体が捕獲されています。新潟市内でも、山地や丘陵地、林や草地が残っている潟の周辺に定着する可能性が十分考えられます。特徴的なフィールドサインに着目して、早期の対策が必要です。

留意すべきことは、身近に生息する動物の中で、野生の小動物にとって最大の脅威となる捕食者はネコであるという事実です。都市部や集落付近では、人の飼育下にあるネコが野生の捕食動物の何倍もの小動物を殺戮しているといわれています。アメリカ魚類野生生物局とスミソニアン保全生物学研究所の共同調査の結果、アメリカ本土では毎年、37億羽の野鳥、207億匹の哺乳類がネコによって殺されています。そのネコ被害のうち1／3は飼いネコによるものと推定されるそうです（ナショナルジオグラフィックニュース）。
一般社団法人ペットフード協会の調査によれば、2021年日本国内で894万6千頭のネコが飼育されています。これに野良ネコやノネコが加わり、1200万頭を超す可能性があります（柏崎市立博物館，2017）。冬の寒さが厳しい新潟県内では完全に野生化するのは困難ですが、飼いネコが自由に屋外に出入りし、野良ネコへの無責任な餌やりも絶えないため、ネコが野生動物にとって大きな脅威であることは変わりありません。

生態系被害防止外来種リストの掲載種の中で、クマネズミは樹上でも行動ができ、離島などに侵入すると様々な小動物や野鳥に甚大な被害を及ぼすため積極的な防除が必要とされる緊急対策外来種に指定されています。ハクビシンやドブネズミ、カイウサギや大陸産シマリスなどが生態系被害、農業被害をおこすため、重点対策外来種に指定されています。